Трудовой договор с генеральным директором может прекратить свое действие в следующих случаях:
1.    С истечением срока его действия:
2.    До истечения срока его действия при наличии законных оснований.
Для прекращения  трудовых отношений с генеральным директором необходимо решение собственника (собственников) организации, оформленное протоколом. Далее на основания решения издается приказ об увольнении. В трудовой книжке делается  запись с ссылкой на  решение собственников (реквизиты протокола общего собрания или решения единственного учредителя).  Заверьте запись печатью организации.
Основанием  для увольнения генерального директора может быть:
1.    Общие основания. Подразумевает увольнение по собственному желанию, по соглашению сторон  и пр. Заявление об увольнении по собственному желанию  генеральный директор пишет на имя единственного участника (акционера), председателя совета директоров или общего собрания и т. п. не позднее чем за один месяц до желаемой даты увольнения.
2.    Специальные основания.  Это может быть смена собственника организации, грубое нарушение руководителем своих трудовых обязанностей  и тп.  При смене собственника  новый владелец обязан выплатить компенсацию в размере не менее трех средних месячных заработка При увольнении по второму основанию необходимо правильно провести процедуру увольнения (смотри ст. 193 ТК РФ)
3.    Дополнительные основания. Это может быть решение участников о досрочном  прекращении трудового договора или отстранение от должности в связи с процедурой банкротства  и тп (ст. 278 ТК РФ). При расторжении договора по указанным основаниям генеральному директору выплатите компенсацию не меньше чем в размере трех средних месячных заработка.