Для заключения трудового договора  с генеральным директором необходимо:
1.   Решение собственника организации (общее собрание участников общества, совета директоров и т.п., решение единственного участника) о назначении на должность  генерального директора. Решение должно быть правильно оформлено. Необходимо  сверить с уставом, к компетенции какого органа относится вопрос образования единоличного исполнительного органа, соблюдена ли процедура созыва собрания или заседания, соблюден ли необходимый для принятия решения кворум, кому поручено от имени организации подписать с избранным генеральным директором трудовой договор
2.   Заключить трудовой договор.  Он может заключаться на срок, который установлен в учредительных документах, но не более чем на 5 лет или заключить бессрочный договор. Договор со стороны работодателя подписывается  председателем общего собрания участников общества или председателем совета директоров или лицо, возглавляющее соответствующий орган управления.
Если директор и единственный учредитель общества одно и то же лицо трудовой договор заключать не нужно. Трудовые отношения с ним оформляются решением единственного участника. Однако существует точка зрения, что оформлять трудовой договор надо так как  не заключение договора может повлечь за собой негативные последствия. В данном случае подписывая трудовой договор в качестве работодателя, руководитель выступает с одной стороны от имени организации,  а с другой стороны от своего имени. А негативные последствия могут возникнуть  при расчете налогов. Например при расчете налога на прибыль в расходы  на оплату труда можно включить лишь те выплаты, которые  предусмотрены трудовым (коллективным) договором. Такой же порядок действует и при упрощенке, если организация платит единый налог с разницы между доходами и расходами. Так же вопросы могут возникнуть  у налоговой при выплате директору отпускных и прочих выплат.
3.    Далее издается приказ о приеме на работу генерального директора с формулировкой: «Во исполнение решения акционеров (участников) приступаю к исполнению обязанностей с такого-то числа». В трудовой книжке  указывается либо реквизиты приказа о приеме на работу либо реквизиты протокола решение о назначении на должность
    Следует не забыть при смене генерального директора внести изменения в ЕГРЮЛ. В противном случае организация будет оштрафована на 5000 рублей, а сделки, подписанные генеральным директором, данные на которого не были внесены в ЕГРЮЛ,  могут признать недействительными.